1996年7月頃、カクテルパーティーでAmazon.comの創業者ジェフ・ベゾスが、ある女性に「自分のサイトで離婚に関する本を売りたいんだけど」と持ちかけられたのをヒントにしたのがはじまりであるとされているが、Amazon.com以前にCybereroticsというアダルトサイトがクリック報酬型のアフィリエイトを始めた最初か初期のサイトの1つだというのが、広告関係者やアダルト業界のコンセンサスである。
日本では、アウトドア用品を販売するナチュラムが、1999年5月にAmazonアソシエイトプログラムを参考に独自開発した「バディシステム」としてサービスを開始した。アフィリエイト・サービス・プロバイダとしては、1999年11月にValueCommerceが、2000年6月にA8.netがサービスを開始した。
2000年頃から比較コンテンツを作り情報としてアフィリエイト広告を見せ、検索エンジンを導線とするといった現在の主流となっているアフィリエイトメディアの掲載手法が確立される。